ИПС "Әділет"

Геномдық бағалау жүргізу қағидаларын бекіту туралы

Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрінің 2023 жылғы 26 мамырдағы № 205 бұйрығы. Қазақстан Республикасының Әділет министрлігінде 2023 жылғы 30 мамырда № 32625 болып тіркелді

"Асыл тұқымды мал шаруашылығы туралы" Қазақстан Республикасы Заңының 13-бабы 4-6) тармақшасына сәйкес БҰЙЫРАМЫН:

1. Қоса беріліп отырған Геномдық бағалау жүргізу қағидалары бекітілсін.

2. Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Мал шаруашылығы департаменті заңнамада белгіленген тәртіппен:

1) осы бұйрықтың Қазақстан Республикасы Әділет министрлігінде мемлекеттік тіркелуін;

2) осы бұйрықтың Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің интернет-ресурсында орналастырылуын қамтамасыз етсін.

3. Осы бұйрықтың орындалуын бақылау жетекшілік ететін Қазақстан Республикасының ауыл шаруашылығы вице-министріне жүктелсін.

4. Осы бұйрық алғашқы ресми жарияланған күнінен кейін күнтізбелік он күн өткен соң қолданысқа енгізіледі.

Қазақстан Республикасы
Ауыл шаруашылығы министрі

Е. Карашукеев

Қазақстан Республикасы
Ауыл шаруашылығы министрі
2023 жылғы 26 мамырдағы
№ 205 бұйрығымен
бекітілген

Геномдық бағалау жүргізу қағидалары

1-тарау. Жалпы ережелер

1. Осы Геномдық бағалау жүргізу қағидалары (бұдан әрі – Қағидалар) "Асыл тұқымды мал шаруашылығы туралы" Қазақстан Республикасы Заңының 13-бабы 4-6) тармақшасына сәйкес әзірленді және геномдық бағалау жүргізу тәртібін айқындайды.

2. Осы Қағидаларда мынадай негізгі ұғымдар пайдаланылады:

1) асыл тұқымдық орталық – асыл тұқымды тұқымдық жануарларды күтіп-ұстау жөніндегі қызметтің басталғаны (тоқтатылғаны) туралы уәкілетті органды хабардар еткен, асыл тұқымды тұқымдық жануарлардың ұрығын, эмбриондарды алумен, жинақтаумен, сатып алумен, сақтаумен және өткізумен айналысатын заңды тұлға;

2) геномдық бағалау – асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы уәкілетті орган айқындаған тәртіппен жүзеге асырылатын, жануарлардың селекцияланатын белгілерінің генетикалық құндылығын олардың геномдық ақпараты негізінде болжамды бағалау;

3) гендік типтеу – жануардың генотипін анықтау процесі;

4) генетикалық материал (үлгі) – тұқым қуалаушылықтың функционалдық бірліктері бар жануарлардан алынатын кез келген материал;

5) селекциялық және асыл тұқымдық жұмыстың ақпарат қоры (бұдан әрі – САТЖАҚ) – асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы уәкілетті орган айқындаған оператор жүргізетін, жануарлардың генетикалық әлеуетін жетілдіру және арттыру үшін, сондай-ақ асыл тұқымдық өнімді (материалды) есепке алу үшін пайдаланылатын, асыл тұқымды жануарлар және селекциялық процеске тартылатын жануарлар туралы деректерді жинаудың, жинақтаудың және өңдеудің автоматтандырылған жүйесі.

2-тарау. Геномдық бағалау жүргізу тәртібі

3. Геномдық бағалау референттік дерекқор негізінде жүргізіледі. Қазақстан Республикасының аумағында жануарлардың әрбір тұқымы бойынша жануарлардың тиісті тұқымы бойынша бір референттік дерекқор құрылады және жұмыс істейді.

4. Геномдық бағалауды "Еуразиялық экономикалық одаққа мүше мемлекеттерде жүргізілетін асыл тұқымды мал шаруашылығы саласындағы селекциялық асыл тұқымдық жұмысты үйлестіру және талдамалық қамтамасыз ету тәртібін бекіту туралы" Еуразиялық үкіметаралық кеңестің 2021 жылғы 5 ақпандағы № 2 шешімімен бекітілген базасында мүше мемлекеттерде жүргізілетін асыл тұқымдық мал шаруашылығы саласындағы селекциялық-асыл тұқымдық жұмыстың талдамалық қамтамасыз етілуі жүзеге асырылатын Еуразиялық экономикалық одаққа мүше мемлекеттер мекемелеріің (ұйымдарының) тізбесіне кіретін Қазақстан Республикасының ауыл шаруашылығы бейініндегі ғылыми ұйымдары (бұдан әрі – ғылыми ұйым) республикалық палатамен бірлесіп өткізеді.

Геномдық бағалауды жүргізу үшін ғылыми ұйымды асыл тұқымдық орталық дербес таңдайды.

5. Референттік дерекқор "Асыл тұқымдық өнім (материал) мәртебесін беру (тоқтата тұру, күшін жою) қағидаларын бекіту туралы" Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрінің 2015 жылғы 11 желтоқсандағы № 3-3/1084 бұйрығына (Нормативтік құқықтық актілерді мемлекеттік тіркеу тізілімінде № 12897 болып тіркелген) сәйкес шаруашылыққа пайдалы белгілері бойынша индекстік бағалауы бар жануарлардың тиісті тұқымы бойынша жануарлардың тізбесін, толық геномдық гендік типтеу деректерін және асыл тұқымдық мәртебесін қамтиды.

6. Асыл тұқымдық орталықтарда геномдық бағалауға тапсырыспен шағылыстыру нәтижесінде алынған әлеуетті асыл тұқымды тұқымдық жануарлар жатады.

7. Асыл тұқымдық орталық гендік типтеу жүргізу үшін генетикалық материал (үлгі) алуды жүргізеді және оны мамандандырылған зертханаға жібереді.

Бұл ретте әрбір генетикалық материалға (үлгіге) жануардың жеке нөміріне байланысты бірегей нөмір беріледі.

Генетикалық материалды (үлгіні) мамандандырылған зертханаға жеткізуді асыл тұқымдық орталықтың қызметкері қолма-қол не почта байланысы арқылы жүзеге асырады.

8. Гендік типтеу Қазақстан Республикасының Азаматтық кодексіне (бұдан әрі – Кодекс) сәйкес асыл тұқымдық орталық пен мамандандырылған зертхана арасында жасалатын шарт негізінде жүргізіледі.

9. Гендік типтеуді жүргізуді "Сәйкестікті бағалау саласындағы аккредиттеу туралы" Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес аккредиттелген мамандандырылған зертханалар жүзеге асырады.

10. Мамандандырылған зертхана генетикалық материалды (үлгіні) алған күннен бастап 1 (бір) ай ішінде гендік типтеуді жүргізеді.

11. Гендік типтеуге жататын бір нуклеотидті полиморфизм (бұдан әрі - БНП) саны жануардың бүкіл геномында біркелкі қамтылған және 1 БНП негізінде 50 (елу) мың нуклеотидтік жұптан аспайтын орташа тығыздық мәнге ие.

12. Мамандандырылған зертхана гендік типтеу аяқталғаннан кейін 5 (бес) жұмыс күні ішінде оның нәтижелерін ғылыми ұйымға почта байланысы арқылы не қолма-қол жібереді.

13. Жануарлардың асыл тұқымдық қасиеттерін геномдық бағалау Кодекске сәйкес асыл тұқымдық орталық пен ғылыми ұйым арасында жасалатын шарт негізінде жүргізіледі.

14. Ғылыми ұйым гендік типтелген генетикалық материал (үлгі) негізінде ақпарат блогын қалыптастырады, ол мынадай сапалық және сандық көрсеткіштер бойынша тексеруден өтеді:

1) генетикалық материалдарды (үлгілерді) гендік типтеу сапасын бағалау. Генетикалық материалдар (үлгілер) үшін өткізілген гендік типтердің жиілігі 5 %-дан аспайды;

2) БНП гендік типтеу сапасын бағалау. БНП үшін өткізілген гендік типтердің жиілігі 5 %-дан аспайды;

3) БНП минорлық аллелінің ұшырасымдылығының жиілігін бағалау. Минорлық аллельдердің жиілігі кемінде 5 %;

4) БНП гендік типтері ұшырасымдылығының жиілігінің Харди-Вайнберг заңынан ауытқуын бағалау.

5) генетикалық материалдардың (үлгілердің) телнұсқаларын бағалау;

6) "Ұрпақ генотипі – Ата-баба генотипі" типіндегі қақтығыстарды бағалау;

7) гендік типтеу деректерінің көмегімен алынған және САТЖАҚ-дан алынған туыстық матрицалар арасындағы сәйкессіздіктерді анықтау.

15. Осы Қағидалардың 14-тармағына сәйкес тексеруден өтпеген генетикалық материал (үлгі) жануарлардың асыл тұқымдық сапасын геномдық бағалау есептемесінен алып тасталуы тиіс.

16. Жануарлардың асыл тұқымдық қасиеттерін геномдық бағалау есептемесін ғылыми ұйым гендік типтеу нәтижелерін алған күннен бастап 20 (жиырма) жұмыс күні ішінде жүргізеді.

17. Геномдық бағалау желілік типтегі жануарлардың биометриялық моделі негізінде селекциялық белгілері бойынша жануардың асыл тұқымдық құндылығын болжаудың статистикалық әдісі арқылы есептелінеді.

Геномдық бағалауды есептеу үшін мына формула бойынша векторлық нысандағы екі факторлы аралас модельдің ерекшелігі қолданылады:

мұнда,

у – жануар бағаланатын белгінің көрсеткіші;

Х – тұрақты әсер жоспарының матрицасы;

b– белгіленген фактордағы у белгісіне қосылқан үлестің іздеу бағамы;

Z – кездейсоқ әсер жоспарының матрицасы;

w– аддитивті генетикалық әсердің үлесін іздеу бағамы;

e– кездейсоқ қате.

Аддитивті генетикалық әсердің үлесін есептеу үшін аралас модель теңдеуі қолданады:

мұндағы:

– дисперстік қателер мен аддитивті кездейсоқ әсердің қатынасы (варианс), – жануарлар арасындағы туыстық байланыстардың инверттелген матрицасы.

18. Ғылыми ұйым жануарлардың асыл тұқымдық қасиеттерін геномдық бағалауды есептеу аяқталғаннан кейін 5 (бес) жұмыс күні ішінде оның нәтижелерін асыл тұқымдық орталыққа жібереді.

19. Асыл тұқымдық орталық жануарлардың асыл тұқымдық қасиеттерін геномдық бағалау нәтижелерін алған күннен бастап 3 (үш) жұмыс күні ішінде САТЖАҚ-ға енгізу үшін электрондық почта арқылы операторға жібереді.

В соответствии с подпунктом 4-6) статьи 13 Закона Республики Казахстан "О племенном животноводстве" ПРИКАЗЫВАЮ:

1. Утвердить прилагаемые Правила проведения геномной оценки.

2. Департаменту животноводства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан в установленном законодательством порядке обеспечить:

1) государственную регистрацию настоящего приказа в Министерстве юстиции Республики Казахстан;

2) размещение настоящего приказа на интернет-ресурсе Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан.

3. Контроль за исполнением настоящего приказа возложить на курирующего вице-министра сельского хозяйства Республики Казахстан.

4. Настоящий приказ вводится в действие по истечении десяти календарных дней после дня его первого официального опубликования.

Министр сельского хозяйства
Республики Казахстан

Е. Карашукеев

Утверждены приказом
Министр сельского хозяйства
Республики Казахстан
от 26 мая 2023 года № 205

Правила проведения геномной оценки

Глава 1. Общие положения

1. Настоящие Правила проведения геномной оценки (далее – Правила) разработаны в соответствии с подпунктом 4-6) статьи 13 Закона Республики Казахстан "О племенном животноводстве" и определяют порядок проведения геномной оценки.

2. В настоящих Правилах используются следующие основные понятия:

1) племенной центр – юридическое лицо, уведомившее уполномоченный орган в области племенного животноводства о начале (прекращении) деятельности по содержанию племенных животных – производителей, занимающееся получением, накоплением, приобретением, хранением и реализацией семени племенных животных – производителей, эмбрионов;

2) геномная оценка – прогнозная оценка генетической ценности селекционируемых признаков животного на основе их геномной информации, осуществляемая в порядке, определенном уполномоченным органом в области племенного животноводства;

3) генотипирование – процесс определения генотипа животного;

4) генетический материал (образец) – любой материал животного происхождения, содержащий функциональные единицы наследственности;

5) информационная база селекционной и племенной работы (далее – ИБСПР) – автоматизированная система сбора, накопления и обработки данных о племенных животных и о животных, вовлеченных в селекционный процесс, используемая для совершенствования и повышения генетического потенциала животных, а также для учета племенной продукции (материала), сопровождаемая оператором, определенным уполномоченным органом в области племенного животноводства.

Глава 2. Порядок проведения геномной оценки

3. Геномная оценка проводится на основе референтной базы данных. На территории Республики Казахстан по каждой породе животных создается и действует одна референтная база данных по соответствующей породе животных.

4. Геномная оценка проводятся научными организациями Республики Казахстан сельскохозяйственного профиля, входящими в перечень учреждений (организаций) государств − членов Евразийского экономического союза, на базе которых осуществляется аналитическое обеспечение селекционно-племенной работы в области племенного животноводства, проводимой в государствах-членах, утвержденный Решением Евразийского межправительственного совета от 5 февраля 2021 года № 2 "Об утверждении Порядка координации и аналитического обеспечения селекционно-племенной работы в области племенного животноводства, проводимой в государствах – членах Евразийского экономического союз" (далее – научная организация), совместно с республиканскими палатами.

Научная организация для проведения геномной оценки выбирается племенным центром самостоятельно.

5. Референтная база данных содержит перечень животных по соответствующей породе животных, имеющих индексную оценку по хозяйственно-полезным признакам, данные полногеномного генотипирования и племенной статус в соответствии с приказом Министра сельского хозяйства Республики Казахстан от 11 декабря 2015 года № 3-3/1084 "Об утверждении Правил присвоения (приостановления, отмены) статуса племенной продукции (материала)" (зарегистрирован в Реестре государственной регистрации нормативных правовых актов № 12897).

6. В племенных центрах геномной оценке подлежат потенциальные племенные животные – производители, полученные в результате заказных спариваний.

7. Племенной центр проводит забор генетического материала (образца) для проведения генотипирования и направляет его в специализированную лабораторию.

При этом, каждому генетическому материалу (образцу) присваивается уникальный номер, привязанный к индивидуальному номеру животного.

Доставка генетического материала (образца) в специализированную лабораторию осуществляется работником племенного центра нарочно, либо посредством почтовой связи.

8. Генотипирование проводится на основании договора, заключаемого между племенным центром и специализированной лабораторией в соответствии с Гражданским кодексом Республики Казахстан (далее – Кодекс).

9. Проведение генотипирования осуществляется специализированными лабораториями, аккредитованными в соответствии с Законом Республики Казахстан "Об аккредитации в области оценки соответствия".

10. Специализированная лаборатория проводит генотипирование генетического материала (образца) в течение 1 (одного) месяца со дня его получения.

11. Количество однонуклеотидных полиморфизмов (далее – ОНП), подлежащих генотипированию, равномерно покрывается по всему геному животного и имеет среднее значение плотности не более 50 (пятьдесят) тысяч нуклеотидных пар основании на 1 ОНП.

12. Специализированная лаборатория в течение 5 (пяти) рабочих дней после завершения генотипирования направляет его результаты в научную организацию посредством почтовой связи, либо нарочно.

13. Геномная оценка племенных качеств животных проводится на основании договора, заключаемого между племенным центром и научной организацией в соответствии с Кодексом.

14. Научная организация на основании прогенотипированного генетического материала (образца) формирует блок информации, который проходит проверку по следующим качественным и количественным показателям:

1) оценка качества генотипирования генетических материалов (образцов). Частота пропущенных генотипов для генетических материалов (образцов) не более 5 %;

2) оценка качества генотипирования ОНП. Частота пропущенных генотипов для ОНП не более 5 %;

3) оценка частоты встречаемости минорного аллеля ОНП. Частота минорных аллеей не менее 5 %;

4) оценка отклонения частоты встречаемости генотипов ОНП от закона Харди-Вайнберга;

5) оценка дубликатов генетических материалов (образцов);

6) оценка конфликтов типа "Генотип потомка – Генотип предка";

7) выявление несоответствий между матрицами родства, полученных с помощью данных генотипирования и полученных из ИБСПР.

15. Генетический материал (образец), не прошедший проверку согласно пункту 14 настоящих Правил, подлежит исключению из расчета геномной оценки племенных качеств животных.

16. Расчет геномной оценки племенных качеств животных проводится научной организацией в течение 20 (двадцати) рабочих дней со дня получения результатов генотипирования.

17. Геномная оценка рассчитывается путем статистического метода прогнозирования племенной ценности животного по селекционируемым признакам на основе биометрической модели животного линейного типа (наилучший линейный несмещенный прогноз).

Для расчета геномной оценки применяется спецификация двухфакторной смешанной модели в векторной форме по следующей формуле:

где:

y – показатель признака по которому оценивается животное;

Х – матрица плана фиксированного эффекта;

b– искомая оценка вклада в признак у фиксированного фактора;

Z – матрица плана случайного эффекта;

w– искомая оценка вклада аддитивного генетического эффекта;

e– случайная ошибка.

Для расчета вклада аддитивного генетического эффекта используется уравнение смешанной модели: